Hệ thống HACCP đưa ra 7 nguyên tắc cơ bản sau:

1. HACCP là hệ thống xác định những nguy hại cụ thể tức là những trạng thái sinh học, hóa học hoặc tính chất về vật lý có ảnh hương bất lợi đến an toàn thực phẩm đồng thời vạch ra những biện pháp kiểm soát những bất lợi đó.

2. Phân tích mối nguy và các biện pháp phòng ngừa. Tiến hành phân tích mối nguy. Chuẩn bị sơ đồ quy trình sản xuất bao gồm các bước diễn ra trong quy trình. Xác định và lập danh mục các nguy hại. Chỉ ra các biện pháp phòng ngừa cho từng mối nguy.

3. Xác định các điểm kiểm soát trọng yếu (CCPs) trong quy trình bằng việc phân tích các mối nguy theo cây quyết định.

4. Thiết lập các ngưỡng tới hạn. Đây là các mức độ đặt ra và mức sai biệt có thể chấp nhận được để đảm bảo cho các điểm CCPs nằm trong vòng kiểm soát được.

5. Giám sát điểm kiểm soát tới hạn. Thiết lập hệ thống theo dõi, giám sát đảm bảo kiểm soát các CCPs bằng các thủ tục xét nghiệm, quan trắc.

Thiết lập các biện phắc khắc phục kịp thời. Tiến hành những hoạt động điều chỉnh một khi các quan trắc theo dõi cho thấy một điểm CCP nào đó bị trệch ra khỏi vòng kiểm soát.

6. Thiết lập hệ thống kiểm tra đánh giá. Tiến hành những thủ tục thẩm tra xác nhận để khẳng định là hệ thống HACCP hoạt động hữu hiệu.

7. Thiết lập bộ hồ sơ và tài liệu HACCP. Tư liệu hóa tất cả các những thủ tục đã tiến hành và các bộ hồ sơ liên quan đến các nguyên tắc và quá trình vận dụng những nguyên tắc này.